В 1999 во главе с настоятелем священником Анатолием Проскурней совместно с администрацией Мытищинского района начала строительство первой очереди здания для Православного культурно-просветительского центра с домовой церковью в честь Святой Живоначальной Троицы.

6 июня 2004 года, в неделю Всех Святых по благословению митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия состоялось освящение Троицкого храма. Торжества возглавил архиепископ Можайский Григорий.

С марта 2000 года начали проводиться и беседы с детьми младшего школьного возраста. Были сформированы группы хорового пения, шитья, вышивки, бисероплетения, иконописи.

С осени 2000 года действовала воскресная школа для детей и взрослых.

17 июня 2007 года приход Донской церкви отмечал свое 110-летие. Праздничные торжества по этому поводу возглавил архиепископ Можайский Григорий, который совершил освящение в честь Царственных Страстотерпцев нижнего придела Троицкой церкви. Это один из немногих храмов, которые освящены в память о зверски замученной Царской семье. 15 ноября 2007 г. в деревянном храме Новомучеников и исповедников Российский на Бутовском полигоне была освящена икона священномученика Георгия Извекова (1874-1937), известного духовного композитора, настоятеля и святого покровителя нашего прихода. Сейчас этот образ находится в верхнем Троицком храме справа от алтаря и ежегодно 27 ноября — в день его памяти, когда на торжественной Божественной литургии звучат песнопения в обработке прот. Георгия Извекова — переносится на центральный аналой для всеобщего поклонения. Доброй традицией стали вечера памяти о. Георгия, проводимые в Перловском духовно-просветительском центре в день его мученической кончины, а к 27 ноября 2012 г. прихожанкой Донского храма Вероникой (Викторией) Садовской был снят первый в истории документальный фильм о жизненном пути, творчестве и подвиге протоиерея Георгия Извекова.